No início de outubro, uma mensagem enviada no servidor Ryujinx Discord por um dos desenvolvedores do emulador alegou que o desenvolvedor líder havia sido "contatado pela Nintendo e oferecido um acordo para parar de trabalhar no projeto, remover a organização e todos os ativos relacionados que ele controla". Logo depois, os downloads e repositórios do GitHub foram removidos e, embora seu site permanecesse ativo na época, nada parece carregar mais nele — mas isso não significa que algumas coisas não tenham mudado nos bastidores.
Conforme observado no subreddit r/Ryujinx, parece que a Nintendo agora é a proprietária oficial do antigo domínio do emulador. De acordo com as informações do banco de dados WHOIS, houve uma atualização em 7 de novembro e talvez a Nintendo tenha tomado essa medida para que ninguém mais possa reviver o emulador usando o mesmo domínio mais tarde.